أمانة مجمع البحوث الإسلامية:
وتتبعها التقسيمات التنظيمية التالية:
(1) الأمانة المساعدة للبعوث الإسلامية : ( مستوى إدارة مركزية) وتتبعها التقسيمات التنظيمية التالية:
أ- الإدارة العامة للإعارات
ب- الإدارة العامة لتأهيل الطلاب الوافدين.
ت- الإدارة العامة لشئون الطلاب الوافدين. وتتبعها التقسيمات التنظيمية التالية: إدارة الإجازات والسجلات وشئون الخريجين. إدارة الالتحاق والمعادلات إدارة المنح.
ث- الإدارة العامة لشئون المبعوثين والإيفاد. وتتبعها التقسيمات التنظيمية التالية: إدارة رعاية وتأهيل المبعوثين. إدارة المسابقات. قسم التعاقدات.
ج- الإدارة العامة لشئون المبعوثين ح- الإدارة العامة للمعاهد الخارجية.
(2) الأمانة المساعدة للثقافة الإسلامية : ( مستوى إدارة مركزية) وتتبعها التقسيمات التنظيمية التالية:
أ- الإدارة العامة للأحاديث والسنة النبوية الشريفة
ب- الإدارة العامة للبحوث والتأليف والترجمة. وتتبعها التقسيمات التنظيمية التالية: إدارة البحوث إدارة التأليف إدارة الترجمة
ت- الإدارة العامة لشئون المصحف الشريف :
ث- الإدارة العامة للمجلة : وتتبعها التقسيمات التنظيمية التالية: إدارة التحرير إدارة الخدمات المالية والإدارية إدارة الشئون الفنية .
(3) الأمانة المساعدة للدعوة والإعلام الدينى : ( مستوى إدارة مركزية) وتتبعها التقسيمات التنظيمية التالية:
أ- الإدارة العامة للإعلام الدينى
ب- الإدارة العامة للتوجيه العام.
ت- الإدارة العامة للدعوة.
ث- الإدارة العامة للندوات والقوافل.
ج- الإدارة العامة لشئون مناطق الوعظ.
ح- مناطق الدعوة والإعلام الدينى ( تبعية فنية فقط) ( مستوى إدارة عامة) (عدد20) وتتبعها التقسيمات التنظيمية التالية: إدارة التوجيه الفني إدارة شئون الوعظ والوعاظ.
خ- مناطق الوعظ ( ب) ( تبعية فنية فقط ) ( مستوى إدارة ) ( عدد7) وتتبعها التقسيمات التنظيمية التالية: قسم التوجيه الفنى قسم شئون الوعظ والوعاظ.
(4) الإدارة المركزية لمكتبة الأزهر : وتتبعها التقسيمات التنظيمية التالية:
أ- الإدارة العامة للمخطوطات والميكروفيلم
ب- الإدارة العامة للمطبوعات والبيلوجرافيا.
ت- الإدارة العامة لمكتبة المجمع.
(5) الإدارة العامة لشئون مجلس المجمع ولجانه : وتتبعها التقسيمات التنظيمية التالية:
أ- إدارة شئون اللجان والمؤتمرات
ب- إدارة شئون المجلس.
(6) الإدارة العامة للمطبوعات : وتتبعها التقسيمات التنظيمية التالية:
أ- إدارة تحقيق ونشر التراث الإسلامي
ب- إدارة السلسلة الشهرية
ت- إدارة شئون البيع والإهداء والتوزيع
(7) الإدارة العامة لمكتب الأمين العام لمجمع البحوث الإسلامية
(

إدارة الخدمات المالية والإدارية
(9) إدارة العلاقات الخارجية : وتتبعها التقسيمات التنظيمية التالية:
أ- قسم شئون المراكز الإسلامية
ب- قسم العلاقات الثقافية
ت- قسم المنظمات الدولية والمؤتمرات